Ce que le salarié vous transmet, et dans quel délai
Le salarié adresse les volets 1 et 2 de l’avis d’arrêt à sa caisse d’assurance maladie dans les deux jours, et vous remet le volet 3. Quand l’arrêt est établi en ligne, c’est en général le médecin qui transmet les volets destinés à la caisse ; le volet employeur vous parvient toujours par le salarié. Les éléments médicaux ne figurent que sur le volet 1, destiné au service médical de la caisse : vous apprenez les dates, pas le motif.
Le Code du travail ne fixe pas de délai pour vous prévenir ; à défaut de règle dans votre convention collective ou un accord, l’usage est de quarante-huit heures. Ce délai compte pourtant : un salarié qui n’a pas justifié son arrêt dans les quarante-huit heures ne remplit pas l’une des conditions du complément de salaire légal (article L. 1226-1), et un défaut de transmission peut être sanctionné.
Deux règles récentes changent ce que vous recevez. Pour les arrêts prescrits sur papier depuis le 1er juillet 2025, l’avis doit être établi sur un formulaire sécurisé fourni par l’Assurance maladie (décret n° 2025-587 du 28 juin 2025) ; depuis le 1er septembre 2025, les anciens formulaires, les photocopies et les scans sont refusés. Et depuis le 1er septembre 2026, une première prescription est limitée à trente et un jours et chaque prolongation à soixante-deux jours, sauf si le médecin justifie une durée plus longue (article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale). Les longs arrêts arrivent donc en plusieurs prolongations, que le salarié doit chacune vous transmettre dans les quarante-huit heures.
Le signalement en DSN, qui tient lieu d’attestation de salaire
Votre démarche principale auprès de l’Assurance maladie est le signalement d’arrêt de travail dans la déclaration sociale nominative (DSN). Il remplace l’attestation de salaire : c’est à partir de lui que la caisse calcule les indemnités journalières. Si vous n’êtes pas subrogé (voir plus bas), il part dans les cinq jours ouvrés ; si vous l’êtes, au plus tard avec la DSN mensuelle du mois de l’arrêt.
Une prolongation qui suit l’arrêt sans interruption ne donne pas lieu à un nouveau signalement : la nouvelle date de fin prévisionnelle passe dans la DSN mensuelle. Une reprise avant la date prévue, en revanche, se signale (reprise anticipée). Si l’arrêt fait suite à un accident du travail, une démarche s’ajoute : la déclaration d’accident, dans les quarante-huit heures, dimanches et jours fériés non compris, par tout moyen donnant date certaine à sa réception (article R. 441-3 du code de la sécurité sociale).
Ce signalement part de votre logiciel de paie. L’application Arrêts de travail de vOSagents ne le fait pas à sa place : elle vous donne un arrêt vérifié, ses dates et son justificatif au moment où la paie en a besoin.
Indemnités journalières et subrogation : qui verse quoi
Pour un arrêt maladie, l’Assurance maladie verse des indemnités journalières après un délai de carence de trois jours. Elles valent la moitié d’un salaire journalier de base calculé sur les trois derniers mois, et ce salaire est plafonné à 1,4 fois le Smic pour les arrêts débutant depuis le 1er avril 2025 (contre 1,8 fois auparavant). Les montants suivent le Smic : reportez-vous au barème publié par l’administration. Pour certains arrêts de plus de six mois, hors affection de longue durée prise en charge à 100 %, accident du travail et maladie professionnelle, la durée maximale d’indemnisation est passée de trois ans à un an à compter du 15 octobre 2026 (décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026) : un point à revoir avec votre organisme de prévoyance.
La subrogation vous permet de percevoir ces indemnités à la place du salarié, en contrepartie du salaire que vous lui maintenez. Si vous maintenez le salaire en totalité, vous êtes subrogé de plein droit ; si vous le maintenez en partie, vous l’êtes à condition que le salaire maintenu soit au moins égal aux indemnités dues pour la même période ; sinon, vous ne pouvez que demander au salarié le remboursement des indemnités, dans la limite du salaire maintenu (article R. 323-11 du code de la sécurité sociale). Votre convention collective peut l’organiser : vérifiez-la.
La subrogation se déclare dans le signalement DSN, arrêt par arrêt, avec ses dates de début et de fin. La date de fin est celle de votre obligation de maintien de salaire, légale ou conventionnelle, pas forcément celle de l’arrêt : contrôlez ce que votre logiciel de paie propose. Une subrogation déclarée pour un arrêt ne vaut pas pour le suivant.
Le maintien de salaire : la règle légale, et ce que la convention change
Le Code du travail impose un complément de salaire quand le salarié remplit quatre conditions : un an d’ancienneté dans l’entreprise au premier jour de l’absence, un arrêt justifié dans les quarante-huit heures, une prise en charge par la sécurité sociale, et des soins reçus en France ou dans un autre État de l’Union européenne ou de l’Espace économique européen (articles L. 1226-1 et D. 1226-8). La règle ne s’applique pas aux salariés travaillant à domicile, saisonniers, intermittents et temporaires.
Le calcul légal tient en quatre règles. Votre convention collective ou un accord d’entreprise peut faire mieux (carence plus courte, maintien plus élevé, ancienneté requise moindre) : c’est alors ce texte qui s’applique, et le Code du travail numérique donne la règle de nombreuses branches.
- Point de départ : au-delà de sept jours d’absence pour une maladie, un accident non professionnel ou un accident de trajet ; dès le premier jour pour un accident du travail ou une maladie professionnelle (article D. 1226-3).
- Montant : 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue pendant trente jours, puis deux tiers pendant les trente jours suivants (article D. 1226-1), indemnités journalières et part de prévoyance financée par l’employeur déduites (article D. 1226-5).
- Durée : chacune de ces deux périodes augmente de dix jours par tranche entière de cinq ans d’ancienneté au-delà de la première année, dans la limite de quatre-vingt-dix jours chacune (article D. 1226-2).
- Décompte : les absences déjà indemnisées au cours des douze mois précédents s’imputent sur ces durées (article D. 1226-4).
La contre-visite médicale : quand, comment, avec quelles suites
En contrepartie du complément de salaire, vous pouvez faire contrôler l’arrêt par un médecin que vous mandatez (article L. 1226-1). Il se prononce sur le caractère justifié de l’arrêt, y compris sa durée, à tout moment de l’arrêt : au domicile ou au lieu de repos du salarié, sans le prévenir et en dehors des heures de sortie autorisées, ou à son cabinet, sur convocation (article R. 1226-11). Le salarié doit vous communiquer son lieu de repos s’il n’est pas chez lui et, si son arrêt autorise les sorties libres, les horaires où la visite est possible (article R. 1226-10).
Le médecin vous informe ensuite du caractère justifié ou non de l’arrêt, ou de l’impossibilité de le contrôler du fait du salarié, et vous transmettez sans délai cette information au salarié (article R. 1226-12). Si l’arrêt est jugé injustifié, ou le contrôle impossible du fait du salarié, vous pouvez cesser de verser le complément ; le médecin en informe aussi la caisse dans les quarante-huit heures, et celle-ci peut suspendre les indemnités journalières. Depuis le 27 juin 2026, la contre-visite est aussi possible en Alsace-Moselle, dans les mêmes conditions (article L. 1226-23).
La reprise : visite médicale, congés, entretien
La fin de l’arrêt n’est pas qu’une date de paie. Après au moins soixante jours d’arrêt pour maladie ou accident non professionnel, au moins trente jours pour accident du travail, toute absence pour maladie professionnelle ou un congé de maternité, vous saisissez le service de prévention et de santé au travail dès que vous connaissez la date de fin, pour une visite de reprise le jour du retour ou dans les huit jours (article R. 4624-31). Tant qu’elle n’a pas eu lieu, le contrat reste suspendu. Pour les arrêts délivrés depuis le 15 juin 2026, elle n’est plus requise après une visite de préreprise passée dans les trente jours précédant la reprise et qui n’a conclu à aucun aménagement, sauf si le salarié, vous ou le médecin la demandez. Le détail, visite par visite, est dans notre guide sur la périodicité des visites médicales du travail.
Pendant un arrêt de plus de trente jours, vous devez aussi informer le salarié qu’il peut demander une visite de préreprise, et un rendez-vous de liaison avec vous et le service de santé au travail ; ce rendez-vous n’est pas une visite médicale, et le salarié peut le refuser sans conséquence (articles L. 4624-2-4, L. 1226-1-3 et D. 1226-8-1).
Côté congés, un arrêt pour maladie ou accident non professionnel ouvre droit à deux jours ouvrables de congé payé par mois, dans la limite de vingt-quatre par période de référence (articles L. 3141-5 et L. 3141-5-1). Dans le mois qui suit la reprise, vous informez le salarié du nombre de jours dont il dispose et de la date limite pour les prendre, par tout moyen donnant date certaine, le bulletin de paie par exemple (article L. 3141-19-3). Enfin, après un arrêt de longue maladie au sens de l’article L. 324-1 du code de la sécurité sociale, un entretien de parcours professionnel est proposé au salarié s’il n’en a pas eu dans les douze mois précédents (article L. 6315-1).
Tenir le dossier d’arrêt sans fil d’e-mails
Dans une PME, l’arrêt arrive souvent par SMS au responsable, puis en photo à la RH, et la prolongation par un autre canal encore. Ce qui se perd n’est pas l’arrêt lui-même, mais le lien entre les pièces : quelle prolongation suit quel arrêt, qui a été prévenu, à quelle date la visite de reprise devient due.
L’application Arrêts de travail de vOSagents fait entrer l’arrêt une fois : le collaborateur le transmet depuis son téléphone (dates, type d’arrêt, justificatif en photo ou en PDF), ou son responsable le dépose pour lui. Le responsable apprend l’absence et ses dates, jamais le type ni le document. Les destinataires RH reçoivent le justificatif et l’enregistrent pour la paie, ou le refusent avec un motif si le document est illisible : le collaborateur reçoit alors un e-mail pour en transmettre un correct. Une prolongation se déclare comme telle et se rattache à l’arrêt qu’elle prolonge, et l’absence apparaît dans le Planning des absences de l’équipe, sans motif.
Quand un arrêt enregistré dépasse le seuil réglé pour son type, l’application Visites médicales ouvre la visite de reprise à planifier. Ce qui reste hors de l’application : le signalement en DSN, le calcul des indemnités journalières et du maintien de salaire, qui se font dans votre logiciel de paie.